A Ecobé possui consultoria em Ciências Naturais. É sabido que a formação inicial dos professores polivalentes, regentes, tem pouca ênfase nos conteúdos de Ciências Naturais, e quando muito, em sua maioria, são tratados de maneira fragmentada, ou seja, sem que corroborem para a construção de um olhar sistêmico da realidade.

Isto efetivamente contribui para um Ensino de Ciências baseado no senso comum, descontextualizado científica e ambientalmente, tímido e burocrático, o que tem criado uma realidade de distanciamento dos temas relativos a ciências, realizando um desserviço à construção de uma cultura ecológica e sustentável.